Для удаления программ необходимо использовать команду:

wine uninstaller

или удаление из префикса:

WINEPREFIX="/home/$USER/.wine" wine uninstaller

После этого откроется окно «Установка/удаление программ», где следует выбрать нужную программу и нажать кнопку «Удалить».

При помощи wine uninstaller можно устанавливать программы, нажав на кнопку «Установить» и выбрав необходимую для установки программу.

Удаление программы без использования GUI осуществляется следующим образом:

wine uninstaller --remove <название_программы>

или из префикса:

WINEPREFIX="/home/$USER/.wine_prefix" wine uninstaller --remove <название_программы>

Также есть возможность удалить программу, используя ее собственную программу удаления:

wine /<путь_к_папке_с_программой>/uninstall.exe