распаковываем приложение

apktool d test.apk

d , decode - декомпиляция apk

-r, –no-res Это предотвратит декомпиляцию ресурсов. Это сохраняет файл resources.arsc без какого-либо декодирования. Если только редактировать Java (smali), то это рекомендуемое действие для более быстрой декомпиляции и перестроения.

запаковываем приложение

apktool b ./test

b - build, собрать apk

test - в данном случае это папка

В версии 2.0.0-Beta7 нужно применять ключ –output, чтобы указать директорию при декомпиляции и результирующий файл при сборке:

apktool decode orig.apk --output orig
apktool build orig --output result.apk