Для легковесных программ достаточно команды:

wine filename.exe

Но чаще всего перед установкой программы в wine требуется настройка префикса.

Если при установке префикс не указывается, программа ставится в префикс по умолчанию.

Если установщик программы запускается файлом с расширением .msi, используем команду:

wine msiexec /i filename.msi

Установка в префикс не по умолчанию, например .wine_prefix, осуществляется следующим образом:

WINEPREFIX="/home/$USER/.wine_prefix" wine "/home/$USER/Downloads/filename.exe"